Добрый день, Павел.
Согласен, не самая просторный санузел из представленных у нас планировок.
Такое расположение обусловлено следующим:
В той нише, о которой вы говорите, кроме стояков еще проходит вентиляция для отопительного котла, который должен быть выведен не кухню. Поэтому логично было расположить нишу именно в ванной комнате, т.к. иначе туалет был бы рядом с кухней, что тоже не есть хорошо.
Однако, прошу обратить внимание на то, что ни одна из стен между туалетом, ванной и кладовкой не является "несущей", то есть вы можете все переделать на свой вкус. Например, можно вообще отказаться от кладовки в этом месте и увеличить площадь ванной (как вариант, мне кажется, вместо кладовки прекрасно впишется шкаф-купе между комнат напротив входа в квартиру).